Le juge d'instruction est saisi des affaires les plus complexes, lorsque l'enquête n'a pas suffit à réunir les éclaircissements nécessaires.

Le juge d'instruction procède aux actes qu'il estime nécessaires à la révélation de la vérité, fait procéder, par l'intermédiaire des services de police ou de gendarmerie, à certains actes qu'il ne peut matériellement réaliser, solliciter des experts...

La personne mise en cause peut être mise en examen et placée sous contrôle judiciaire ou en détention provisoire pour les faits les plus graves.

Au terme de l'instruction, le juge confie le dossier au Procureur de la République afin qu'il prenne ses réquisitions (de renvoi devant une juridiction de jugement ou de non lieu).

Les réquisitions prises, le juge d'instruction reprend le dossier afin de l'examiner et de décider s'il y a lieu de renvoyer ou non la personne mise en examen devant la juridiction de jugement .